Resource Type:
Genetic Marker
Name:
MK001178 BSSR-021
Identifier:
MK001178_BSSR_021
Organism:
Marker Type:
SSR
Publication:
- Salgon Sylvia. Phenotyping and pigment analysis in carrot (Daucus carota L.) and genetic mapping with SSR markers and candidate genes. M.S. Thesis. 2011. Ministère de l'Agriculture Montpellier
- Cavagnaro PF, Chung SM, Manin S, Yildiz M, Ali A, Alessandro MS, Iorizzo M, Senalik DA, Simon PW. Microsatellite isolation and marker development in carrot - genomic distribution, linkage mapping, genetic diversity analysis and marker transferability across Apiaceae.. BMC genomics. 2011 Aug 01; 12:386.
Cross Reference:
| NCBI Nuccore |  |
|---|
Relationship:
| Relationships |
|---|
| The genetic_marker, MK001178 BSSR-021, is adjacent to primer, BSSR-21-F. |
| The genetic_marker, MK001178 BSSR-021, is adjacent to primer, BSSR-21-R. |
| The genetic_marker, MK001178 BSSR-021, is located in gene, LOC108218121. |
| The marker_locus, BSSR-021, is an instance of genetic_marker, MK001178 BSSR-021. |
Synonyms:
- MK001178
Sequence Coordinates:
DCARv2_Chr4:4924000..4924258+
View location in JBrowse:
Sequence:
CGCCNAGTCTCTNCCATATGATATCGTGCCTGCAAATTCATGTATTATAC
ATGTTAACCCTCTTGATTTTGGTTGAGAGATCCAATTTTGAACTTGAAAA
AGATATTTAATATGAAAATTATGTATATGTTTGTGTGATCTATGTGCACA
ATATCTGTTTGATTGATTAATAAGATTGTTGGTTATTGGTTTGAATGAGT
TTCAAAATATGATGAATTGATATAGATGTATAGTTTGTTGATTTGTTGAA
TTTTGTTGAATTTGGAGTGTTGGGAGTTCCGATATTTTTTGGTTTTAGTT
TTAGATTTGTTGGTAAAAAAAAGGACTAAACTAGTGAATTATTCATACCA
TTATTCTTCATATTCTTGAACCCTCTTGAATTGAAAATCATATGGATCTT
GAAAACCGTAATTAGATTTTAGTAAACTGTTTTGGAGATTAAAATTGTTA
TGTAAAATTTAATAGTATTAATTATTCAATTTTTAAAATTGTCTACATTT
AAATTCATTAATCTGTTTGACTGTAATAAATTCAAATTGTATGATGAGAT
ATAATATTAAGTAGTGATTGACTCCTTAAATTGTATTGATTGATTGATGT
CATAAATGTTTATAACGGTTTAAATATAAATTGTGTCTTGATTGAGGCAA
ACTTGTACCGTTCATAGGTGGCCATAAGCGATGTCGTATATTTCGGCTTG
TAAGAAGCAATTAACTTTGTTTTAATTACTTTAGTGTCTAACCAAAAATC
CGTCTTTTGGTTTAGACTTTATACGCACTTTTAAAAATAATTTATATTGG
GATATGTTATCCCTTTATAATTATTATAATGGAATATAAAATTTTTAANN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG
CTCATATTACTAACAAATTATATTTAAGAACATTATTACTTTTTAATGAA
CATATAAGATGACTAAATAAAANGCGTGGCCTATGAAATCTGATCTTAAA
ATAGAGTGTACATGCAATTACTAATTGATAAGGTTAATCATGCATGGATA
TATTGGTGTCTTAGCGGTTAATATTTTTTATTTTCCCGATATTCATCCTC
CTCTGAATCATTATTAATCATATATATTATCGCTATTCTGATGATAATAT
ACAAATGCACGTAGAATTAATTGTATCTTAGCTTTAACAGTTGTAGGAAA
ATCTACTGTTGTTTACAAAGTTGGCGAATGTGTACAAGATGTGTTAAAAT
TATGGAAGGAATTTGTATCCTCTCAAGCTGATAAATCTTCTGCAAGCCTT
CAGAACGGTTCTACTTTAGAAATCCGAATACCAGTTGAGCATGTCACGGC
GACAAATCGCCAAGTAAATTTTTTATATTTTAATGAGCATCAGACAATCA
CT
Sequences:
>MK001178_BSSR_021 ID=MK001178_BSSR_021; Name=MK001178 BSSR-021; organism=Daucus carota; type=genetic_marker
CGCCNAGTCTCTNCCATATGATATCGTGCCTGCAAATTCATGTATTATAC
ATGTTAACCCTCTTGATTTTGGTTGAGAGATCCAATTTTGAACTTGAAAA
AGATATTTAATATGAAAATTATGTATATGTTTGTGTGATCTATGTGCACA
ATATCTGTTTGATTGATTAATAAGATTGTTGGTTATTGGTTTGAATGAGT
TTCAAAATATGATGAATTGATATAGATGTATAGTTTGTTGATTTGTTGAA
TTTTGTTGAATTTGGAGTGTTGGGAGTTCCGATATTTTTTGGTTTTAGTT
TTAGATTTGTTGGTAAAAAAAAGGACTAAACTAGTGAATTATTCATACCA
TTATTCTTCATATTCTTGAACCCTCTTGAATTGAAAATCATATGGATCTT
GAAAACCGTAATTAGATTTTAGTAAACTGTTTTGGAGATTAAAATTGTTA
TGTAAAATTTAATAGTATTAATTATTCAATTTTTAAAATTGTCTACATTT
AAATTCATTAATCTGTTTGACTGTAATAAATTCAAATTGTATGATGAGAT
ATAATATTAAGTAGTGATTGACTCCTTAAATTGTATTGATTGATTGATGT
CATAAATGTTTATAACGGTTTAAATATAAATTGTGTCTTGATTGAGGCAA
ACTTGTACCGTTCATAGGTGGCCATAAGCGATGTCGTATATTTCGGCTTG
TAAGAAGCAATTAACTTTGTTTTAATTACTTTAGTGTCTAACCAAAAATC
CGTCTTTTGGTTTAGACTTTATACGCACTTTTAAAAATAATTTATATTGG
GATATGTTATCCCTTTATAATTATTATAATGGAATATAAAATTTTTAANN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG
CTCATATTACTAACAAATTATATTTAAGAACATTATTACTTTTTAATGAA
CATATAAGATGACTAAATAAAANGCGTGGCCTATGAAATCTGATCTTAAA
ATAGAGTGTACATGCAATTACTAATTGATAAGGTTAATCATGCATGGATA
TATTGGTGTCTTAGCGGTTAATATTTTTTATTTTCCCGATATTCATCCTC
CTCTGAATCATTATTAATCATATATATTATCGCTATTCTGATGATAATAT
ACAAATGCACGTAGAATTAATTGTATCTTAGCTTTAACAGTTGTAGGAAA
ATCTACTGTTGTTTACAAAGTTGGCGAATGTGTACAAGATGTGTTAAAAT
TATGGAAGGAATTTGTATCCTCTCAAGCTGATAAATCTTCTGCAAGCCTT
CAGAACGGTTCTACTTTAGAAATCCGAATACCAGTTGAGCATGTCACGGC
GACAAATCGCCAAGTAAATTTTTTATATTTTAATGAGCATCAGACAATCA
CT
This is the primary representative sequence for this feature.
Sequence Length:
1452